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Die Säkularisation, das heißt die Aufhebung kirchlicher Institutionen, Klöster und Abteien und die Verstaatlichung ihres Besitzes, setzte schon bald nach der Wende zum 19. Jahrhundert ein. Das Franziskanerkloster wurde zur Auflösung und Konfiszierung bestimmt. Nach längeren Verhandlungen konnte die Stadt 1832 die Klosteranlage vom Großherzogtum Baden kaufen. Nun wurde das geplante Spital in dem Klostergebäude eingerichtet. Für die Klosterkirche jedoch hatte man keine entsprechende Verwendung. Nach ihrer Profanierung wurde sie zu einem städtischen Getreidespeicher und Lager.