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1890 kam es zu einem Pachtvertrag mit der Stadt. Die Evangelische Kirchenbau-Inspektion in Karlsruhe entschied, dass in die zu großräumige Kirche eine Mauer einzuziehen sei, die den Chor vom Schiff trennen sollte. Die Gemeinde nutzte ausschließlich das Kirchenschiff. Den Chor verpachtete die Stadt an die katholische Gemeinde. Er wurde zur Spitalkapelle. Durch die Trennung von Langhaus und Chor verlor die Franziskanerkirche ihre architektonischen Proportionen.